Nel novembre 1981 lascia la Clinica Urologica genovese per assumere la Direzione, come Professore Associato dal 1982, della Clinica Urologica dell'Università di Sassari e della Scuola di Specializzazione in Urologia di quella stessa Università, ove nel 1984 fonda l'Istituto di Clinica Urologica. A Sassari è seguito da due giovani specialisti: il Dr Stefano De Stefani ora Professore associato a Modena e il Dr Massimo Maffezzini attualmente Primario della Divisione di Urologia Ospedali Galliera di Genova con i quali hanno sviluppato numerose ricerche cliniche e sperimentali.

Presso la Clinica Urologica di Sassari nel 1981 incontra il ricercatore Dr Carlo Corbu attuale Direttore della stessa Clinica e della Scuola di Specialità di Urologia come Professore Associato dopo una lunga e stretta collaborazione durata 24 anni con il Prof. Carmignani passata per Trieste e maturata a Genova.

Nel marzo 1986, come vincitore di concorso a cattedre, assume la funzione di Professore straordinario di Urologia presso l'Università degli Studi di Trieste succedendo al Prof. Rocca Rossetti, ove nel 1989 consegue l'ordinariato e crea l'Istituto di Clinica Urologica dell'Università di Trieste che - unitamente alla Scuola di Specializzazione in Urologia della stessa Università - dirige sino al novembre 1994.

Lo seguono a Trieste il Dr Carlo Corbu e il Dr Stefano De Stefani mentre erano già presenti in sede il Professore Associato Bruno Frea ora Direttore della Clinica Urologica di Udine ed il ricercatori Scipio Angoscia che successivamente si è trasferito ad Alessandria come dirigente ospedaliero.

Nel 1992 il Prof Carmignani acquisisce due ricercatori il Dr Stefano De Stefani ora Professore associato a Modena ed il Dr Massimo Maffezzini ora Primario di Urologia all'Ospedale Galliera di Genova. Sotto la Sua guida i due ricercatori assieme ad un altro suo giovane allievo il Dr Alchiede Simonato attualmente Professore associato presso la Clinica Urologica "L.Giuliani" di Genova hanno dato un notevole impulso alla ricerca clinica e sperimentale della laparoscopia urologica, della microchirurgia e della chirurgia ricostruttiva uroandrologica.

Nel 1991 è Presidente del 64° Congresso Nazionale della Società Italiana di Urologia svoltosi a Trieste.

Nel 1993 fonda ed è chief editor dell' E.U.V.J (European Urology Video Journal) carica che mantiene fino al 2004.

Nel 1993 è Presidente assieme al Prof. Domenico Di Donna del 41° Congresso S.U.N.I (Società Urologica del Nord Italia) che si è svolto a Udine anno in cui è stata rifondata la società.

Su precisa indicazione del Prof. Giuliani nel Luglio 1994 la Facoltà di Medicina e Chirurgia di Genova chiama il Prof. Giorgio Carmignani come Ordinario di Urologia.

Dal Novembre 1994 viene a dirigere la Clinica Urologica seguito dal ricercatore Dr Carlo Corbu e dal neo specialista Dr. Alchiede Simonato che saranno chiamati dalla facoltà di medicina di Genova in qualità di Professori associati rispettivamente nel 1998 e nel 2005.

Nel Dicembre 1994 per volontà del nuovo Direttore con decreto Rettorale l'Istituto è dedicato al Suo maestro fondatore divenendo così la Clinica Urologica "Luciano Giuliani".

Dopo il ritorno a Genova il Prof Carmignani ha potuto cooperare con numerosi e validi collaboratori ospedalieri alcuni dei quali sono andati a dirigere importanti strutture urologiche Riccardo Banchero, Alberto Bonamini (trasferito a Savona), Carlo Borzone, Danilo Bottero (trasferito ad Alessandria), Paolo Bottino, Carlo Caviglia (trasferito a Sestri Levante, Antonio Curotto, Aldo Franco De Rose, Marco Di Pierro, Felice Durand, Luigi Fasce, Maurizio Fassone, Francesco Germinale (libero professionista), Claudio Giberti primario a Savona dal 1996), Mauro Medica (primario a Sestri Levante dal 2002), Francesco Oneto, Mauro Pacella, Bruno Parisini (attualmente in pensione), Nicola Postano (attualmente in pensione), Umberto Repetto (Primario a La Spezia dal 1998), Andrea Romagnoli, Alberto Sanna (direttore Unità operativa semplice di Recco), Tiziano Tentarelli, Piero Tognoni, Luca Ubaldi, Sandro Zambelli (Trasferito da Sestri Levante). Ha inoltre avuto modo di collaborare con i due ricercatori del Prof. Giuliani (Dott. Mario Vespier: Contrattista dal 1974 e quindi Ricercatore Universitario dal 1978. Colpito da una grave malattia muore nel 1999.

Dott. Stefano Quattrini: Ricercatore Universitario dal 1978. La sua attività è stata sempre legata alla Clinica Urologica prima come stretto collaboratore del Prof. Giuliani poi, come provato dalla scomparsa del maestro, si ammala a sua volta ed è costretto ad interrompere la sua attività clinica e didattica nel 2004).

Nel 2000 acquisisce un nuovo ricercatore il Dr Paolo Traverso.

La clinica Urologica "L.Giuliani" dal 1999 al 2003 ospita la divisione di Urologia di Nervi diretta dal Prof. Gian Paolo Bruttini con tutto il personale medico ed infermieristico.

Successivamente dopo la collocazione in pensione del Prof. Gian Paolo Bruttini la Divisione viene accorpata completamente alla Clinica Urologica, venendosi a ricostituire per la seconda volta quel unico nucleo urologico originario nato sotto la Direzione del Prof. G. Nicolich.

Dal 2000 al 2003 il Prof. Carmignani ricopre la carica di Presidente della SIU apportando con impegno e dedizione un'indiscutibile ammodernamento della società.

Nel 2007 viene fondata dalla SIU la fondazione no profit L.U.N.A e al Prof. Carmignani viene affidata la presidenza.